ディレクトリ構成

ディレクトリは以下の様なサンプルを想定します。
「index.html」はファイル、「hoge」はディレクトリです。

ディレクトリはどのようなファイルが存在しても問題ないですが、「deploy.sh」だけは必ず配置してください。

~/project
    ┣ index.html
    ┣ hoge
    ┗ deploy.sh

deploy.shの記載

「deploy.sh」は以下の様に記載します。
以下の「example.com」はサイトのドメイン名ですので、自分のドメイン名に変更してください。

scp -r ./ root@example.com:/var/www/html

IPアドレスを使用する場合には以下の様になります。
以下の「999.99.99.99」はサイトのIPですので、自分のIPに変更してください。

scp -r ./ root@999.99.99.99:/var/www/html

上記それぞれの、「scp -r ./」以降の部分は各自のサーバー環境に合わせて書き換えてください。